Euskotrenek ingurumen-politika bat du, ingurumenaren ikuspegi estrategikoa hedatzeko erreferentzia-esparrua ezartzen duena, herritarren egungo eta etorkizuneko bizi-kalitatea zaintzeko, airearen, uraren eta lurzoru garbi eta osasungarrien ingurunea bermatuz, baliabide naturalen kudeaketa arduratsuaren bidez eta sortutako hondakinak behar bezala kudeatuz. Horrela, klima-aldaketan eta biodibertsitatearen babesean eta sistema ekologikoen funtzionaltasunean duen eragina mugatu nahi da.
Horrela, 2023an, Euskotren 2021-2024 Ingurumena Kudeatzeko Plana garatzen jarraitu da, aldi horretarako ingurumen- eta energia-jardueraren plangintza hedatzen duena.
Plan honek energia-kudeaketaren, ekonomia zirkularraren eta ingurumen-kudeaketaren erronkak ditu ardatz, helburu estrategiko bakar bat lortze aldera: "karbono gutxiko eta baliabideen erabilera eraginkorreko jardueraren garapenerantz aurrera egitea".
2023ko ekitaldian, 2021-2024ko Ingurumen Jardueraren Plangintza Jardueren Urteko Programan mantendu da, eta haren ekintzak 43 adierazle kuantitatiboren jarraipenaren bidez neurtu dira, ezarritako neurrien eraginkortasunaren eta Plan beraren bilakaeraren benetako jarraipena erakutsiz.
Euskotrenek, bai Ahulezien, Mehatxuen, Indarguneen eta Aukeren (AMIA) analisiaren bidez, bai arriskuen matrizearen bidez, ingurumen-egoerari buruzko diagnostikoa du. Diagnostiko horrek, 2023ko ingurumen-jardueren programan, hautemandako aukeren aurrean egin beharreko ekintzak jaso ditu, bai eta mehatxuei aurre egiteko prestatzea ahalbidetzen dutenak ere, ahuleziak eta indarguneak kontuan hartuta.
Ingurumen-kudeaketaren hedapen hori etengabeko hobekuntzaren ikuspegiarekin gauzatzen da (plangintza – ezarpena - egiaztapena - jarduketa), Ingurumena Kudeatzeko Sistemei buruzko UNE-EN-ISO 14001:2015 arauan ezarritako irizpideen arabera. Arau hori Lutxanako, Leioako, Zumaiako, Elgoibarko kotxetegietako, Atxuriko eta Gasteizko trenbideko, tranbiako eta autobuseko erabiltzaileen garraio-jardueraren antolaketan eta ziurtagirian ezarrita dago.